特定のデバイスとカーネルのソースの取得、jb-mr1の頃はrepoでソース取得後
./platform_manifest/manual_add_kernel_manifest.sh
を実行すると一通りのデバイス依存のソースがダウンロードできたのだけれど、jb-mr2になってから、repo initにオプションを付けて

$ repo init -u https://github.com/AOKP/platform_manifest.git -b jb-mr2 -g all,-notdefault,<devicename>,<vendorname>

で取得できるみたい。
Galaxy Nexusだと

$ repo init -u https://github.com/AOKP/platform_manifest.git -b jb-mr2 -g all,-notdefault,maguro,samsung

こんな感じ。
不要なソースをダウンロードしないので時間がかからなくて良い。

※jb-mr2への切り替え当初はmaguroで使うカーネルプロジェクト(keranel/sumsung/tuna)がマニフェストに含まれていなくて、明示的にtunaも指定しないと駄目だった。